Сейчас (seo 15.0.0) кеш вычисленных значений не привязан к сайту, так что свои функции писать смысла нет.
Если что-то требуется подписать в начале или в конце шаблона, то это можно сделать без доработок Битрикс, достаточно в footer.php модифицировать свойства страниц.
Если же что-то, зависящее от сайта, требуется вписать в середину шаблона, то решения уже нет. Хотя и здесь можно выкрутиться и вносить в шаблоны макросы, типа почтовых (например, #SITE_NAME#). Но удобнее, если это внесено в ядро, т.к. не будет требовать особых познаний от специалиста SEO.
Как развитие этой идеи - позволить выбирать в шаблон настройки разных модулей (они тоже зависят от сайта). Я имею в виду то, что обрабатывается в старом API классом COption. Вот с этой доработкой вообще можно устроить беспредел в настройках шаблонов.
- должно было быть сделано с самого начала