Думаю лучше из стандартныш шаблонов компонентов убрать бутстрап.
В шаблоне интернет-магазин, можно и оставить, не мешает, но в компонентах оформления заказа, каталога и т.д. они не нужны, т.к. много разных методологий верстки, и других библиотек, которые хочется использовать при разработке сайта. Например MDL вместо бутстрапа, или вообще подключая бутсрап, переопределяет наши стили, мешает при разработке. А переписывать шаблоны трудозатратно с проекта на проект.