Это очень логичный и нужный функционал хотя бы в том смысле, что пока добавится и отладится платежная система уходит много времени. Логично ограничить платежную систему только администраторами на это время. А то приходится из штанов выпрыгивать, если нет git

Поищите в инете, есть готовый пример добавления собственного ограничения как раз по пользователю. Не найдете, стучитесь в личку поищу в старых файлах, когда-то добавлял такое, может где завалялся код.
/bitrix/php_interface/init.php
/bitrix/php_interface/include/rsite_pay_restriction_by_user_group.php