На данный, момент настройки автоматизации позволяют настроить корректную смену статусов только для одного варианта предоплата ИЛИ постоплата.
Например, в настройках Автоматизации интернет магазина стоит настройка при получении полной оплаты переводить заказ в статус: Подтвержден, формируется к отправке.
Если покупатель предоплачивает заказа на сайте то всё окей, после оплаты этот статус корректен.
Если оплата поступает после отгрузки (когда, курьерская служба перечисляет ДС, в этот момент статус заказа "Передано в Курьерскую компанию"), при оплате документа оплаты на сайте статус заказа меняется "Подтвержден, формируется к отправке", что не корректно, т.к. заказ уже выполнен и по сути в этот момент правильно было бы сменить статус заказа на "Выполнен".