В упор не понимаю зачем выводить чат-ботов в структуре компании. Я понимаю что технически это пользователи системы, но они ведь искажают визуальную структуру компании!
Как самый простой вариант - добавьте в свойствах пользователей чат-ботов какую-то галочку "Скрыть из структуры компании" ну или лучше даже какой-то глобальный параметр для всех чат-ботов портала "Скрыть чат-ботов из структуры компании"