Собственно, все в теме Не однократно сталкивался с проблемой, обычно папка с контролем версий имеет другие права доступа, думаю целесообразно при проверке доступа к диску не проверять данную папку, как минимум на запись.
Мы везде используем bitrixvm. Сайты лежат в ~/ext-www. У каждого сайта свой репозиторий. Как выносить несколько папок .git в один каталог? Не вариант, нужно исключать из проверки.