если в битриксе объединить 2 компании - то через REST api об этом никак не узнать.
При этом если выполнить запрос по crm.company.get по удаленному id то в ответ получим только {"error":"","error_description":"Not found"}
Если бы в этом ответе было еще одно поле merged_with id то счастье бы наступило немедленно в области синхронизации.
Я получу этот ид и повторю операцию объединения в базе 1С.
Если этого не сделать - то при следующем обмене 1С увидит "нового" не синхронизированного контрагента и выдавит его в битрикс. и опять придется бороться с дублями.
добавьте в crm.company.get и crm.contact.get поле с информацией о выжившем после объединения id