\Bitrix\Main\Config\Option Добавить группу пользователя.

 public static function set($moduleId, $name, $value = "", $siteId = "")

Сейчас опшен можно записать/получить для указанного $siteId.
Было бы ещё лучше если добавили группу пользователя.
Например для группы_1 сайта_1 можно было сохранить одну минимальную сумму для заказа, а для группы_2 сайта_1 другую.
Или показывать "мою фичу" только на сайте_3, для группы_1.