Очень неудобно поддерживать в актуальном состоянии тестовые площадки с боевыми... особенно когда ядро находится в своём репозитории, т.е. файлы версии файлов ядра мы контроллируем таким образом, в структуру бд - нет... например, после обновления ядра, нужно протестировать функционал на тестовом сайте, тестирование по разным причинам может занимать несколько дней, за это время вышли новые обновления и чтобы их накатить, нужно снова загружать на тестовый для тестирования... и т.д...
предлагаю сделать отдельные файлы с миграциями бд для обновлений битрикса, которые будут лежать например в /bitrix/updates/migrations и которые можно завести под контроль версий git.