На данный момент в десктоп-приложении доступен выбор каталогов только первого уровня. Т.е. если у меня есть папка "Проекты", куда вложено 100 проектов, то я могу выделить для синхронизации только всю папку "Проекты" целиком. А в действительности для синхронизации мне достаточно выбрать обычно 3-5 проектов. После завершения активной работы на проекте - удобно оставлять его в облаке, выбирая для синхронизации только те проекты, с которыми работаем в данный момент.
Кроме того, хотелось бы иметь возможность в настройках Битрикса установить настройку синхронизации диска (и конкретных папок) по умолчанию. Есть куча папок, которые не нужны локально никому (например, папка с видеозаписями семинаров на 10 гб). А при установке приложения на новом компе для нового пользователя, они сразу начинают синхронизироваться.
И наоборот, жаль, что нет возможности выбирать синхронизацию доступных Общих папок (Диск: Маркетинг и продажи), где лежат общие сканы свидетельств, лицензий и проч.