Очень удобно иметь возможность сделать произвольную скидку для всего заказа в административной части - часто нужно для округления или по результатам консультации по тем или иным причинам -клиент выпросил скидку или сделан крупный заказ, под который не существуют достойные правила корзины и другие причины.
Конечно, с настройкой права доступа к этой возможности.
Этот функционал есть во многих других CMS и даже в 1С (УНФ по крайней мере).