В настоящий момент для склада можно выбрать либо 1 сайт, либо сразу все. Кроме того либо этот склад может быть пунктом выдачи ( и отображаться при оформлении заказа), либо не являться таковым.

Однако сейчас возникла проблема. Весь функционал заточен на склады, но для одного сайта склад является пунктом выдачи, а для другого нет.

Проблему усугубляет жёсткая привязка складов к 1С, т.е. продублировать склады я не могу, или придётся писать немалый костыль.

Вывод: Необходимо сделать привязку складов к нескольким сайтам. И для каждого сайта должны быть свои отдельные настройки (и дефолтные для всех сайтов).

Вообще, такое ощущение, что склады, системы оплат и системы доставок писали разные люди. Внешне они похожи, но способы реализации у них разные. Может ещё реально  унифицировать?