Как ни странно в битриксе с его D7  и ORM  в модуле магазин допущена самая главная ошибка проектирования - отсутствие сущности  МАГАЗИН.

Только  представьте как бы было круто... добавить магазин, удалить магазин, сделать магазин не активным, изменить настройки магазина...
Сейчас этих настроек где только нет.. в настройках сайта , в настройках компонентов, в настройках модулей и даже в настройках свойств инфоблоков, только не там где они должны быть по сути "В настройках магазина".
В лицензии мы можем иметь много сайтов но вынуждены в покупателях видеть покупателей всех магазинов и они практически из за этого не разделимы...
Платежные системы, службы доставки. да практически все что там есть -  требует разделения (привязки) по магазинам.


Эту мелочь и сейчас не долго исправить или по крайней мере начать внедрять!