Возможно вопрос ламерский, но...

Нельзя ли для главного шаблона сайта разработать нечто подобное Gantry Framework:
http://www.gantry-framework.org/

Пример использования - в шаблонах для Joomla, скажем, в свежем Paradigm:
http://demo.rockettheme.com/?template=paradigm

Смотреть: Features > Module Positions / Module Variations.

Или такая идея идет совсем вразрез с концепцией Битрикс?

Пример:
/bitrix/templates/.default.s1
/bitrix/templates/.default.s2

Идея актуальна для тиражных решений, где может использоваться несколько шаблонов сайта в одном сайте. И, вообще для сайтов, где несколько похожих шаблонов.

Может получиться весьма удобная конструкция:

• базовый шаблон сайта, который содержит стили, скрипты, шаблоны компонентов, включаемые файлы и прочее,
  
• дополнительные шаблоны, которые содержат отличия от базового.
  

Суть: в настройках шаблона сайта добавляем поле шаблон-родитель. В шаблонах-детях указываем шаблон-родитель, либо в настройках, либо, как часть имени папки шаблона:

parent
parent_child1
parent_child2
parent_child3

parent_child1 parent_child2 parent_child3 - дети parent

В шаблон parent будем складывать общие шаблоны компонентов, скрипты, css.

Следует изменить порядок подключения шаблонов компонентов:

Сейчас
текуший шаблон сайта
шаблон .default
папка компонента

Сделать
текуший шаблон сайта
родительский шаблон сайта
шаблон .default
папка компонента

Сделать подключение style.css, template_style.css и script.js не только из текущего шаблона сайта, но и из шаблона родителя.

Нужно стандартизировать верстку стандартных битриксных компонентов и требовать то же самое от партнерских готовых решений.

Сейчас в силу того что разработчики разных готовых магазинов разные, невозможно сделать один шаблон под несколько разных готовых магазинов. Нужно здорово точить стили под каждый магазин.

Короче нужны требования к верстке, которые бы позволяли проще делать шаблоны.
Это позволит глубже интегрировать сторонний дизайн в готовое решение
и позволит продавать в маркет-плейсе готовые дизайны, например под разные магазины.

Нужна возможность загружать шаблоны (на сайт и с сайта). Очень не удобно перемещать их по ftp или иным образом руками.

Было бы неплохо для неискушенных администраторов продукта добавить возможность привязывать шаблон сайта сразу к нескольким директориям и/или файлам. Довольно часто у клиентов, а также у начинающих работать с БУС разработчиков возникает данный вопрос. Ступор держится недолго, но он имеет место

Вообще, наверное, было бы неплохо в этом разделе видеть связь "один-ко-многим" по отношению к каждому шаблону сайта. Сейчас это сделано в виде правил ("многие-ко-многим"), что порой создает неудобство и путаницу при поиске правила для нужного шаблона, особенно если дорабатываешь чужой сайт. Эффективнее, наверное, хранить все правила привязанными к целевому шаблону.