Проблема заключается в том, что компонент "bitrix:catalog.section" не реагирует на фильтр, если в параметрах не передан ID/CODE раздела инфоблока. При этом не спасает даже параметр "SHOW_ALL_WO_SECTION", установленный в значение "Y", хотя пару лет назад это решение работало.
Собственно, эта логика прослеживается в исходном коде компонента "bitrix:catalog.section", но такое поведение компонента является неоправданным и усложняет разработку проектов. Объективной необходимости проводить проверку наличия ID/CODE раздела до обработки фильтра нет: эти вещи не являются взаимоисключающими. При этом фильтр по всем элементам (без указания разделов) заказчики требуют довольно часто, и каждый раз кастомизировать компонент - не очень хороший выход.
Предлагаю либо довести компонент "bitrix:catalog.section" до ума, либо создать аналогичный компонент, не требующий жесткого указания раздела. Например, его можно назвать "Элементы инфоблока".
P.S. В поддержке проблемой это признать отказались. В принципе, их можно понять, но разработчикам от этого не легче.