С модулем Интернет-магазин используется внутренний счет пользователя, при этом никакой дополнительной защиты на него не предусмотрели.
Я предлагаю чтобы внедрили вместе с этим модулем такой функционал как "Платежный пароль", чтобы без него не проходило ни одно движение средств с внутреннего счета. При этом чтобы защита самого пароля проходила аналогично тому как защищены обычные пароли пользователей.

Как думаете, есть смысл реализовать функционал для хранения паролей и прочей секретной информации, чтобы, находясь у клиента, можно было зайти на портал скопировать в буфер пароль (не видя его) и вставить куда надо?

Что-то типа keepass, только online и групповое.

Добавить возможность хранения паролей с разделением прав доступа к ним. Т.е. возможность сохранять персональные пароли каждому сотруднику + возможность расшаривать доступ к паролям другим пользователям, группам и т.п. Например, в "Сервисы" создаётся подменю "Служба хранения паролей" или просто "Пароли", где будут доступны пароли для чтения и изменения в соответствии с привилегиями пользователя, возможность добавить новый пароль и быстрый поиск по существующим.