Зачастую при выполнении "Проверки сайта" выдается ошибка, что кодировки таблиц БД отличаются от нужной. И почему-то эти ошибки "не подлежат автоматическому исправлению", хотя по сути требуется выполнить SQL-запрос на каждую такую таблицу.

Было бы очень удобно, чтобы кодировки таблиц подлежали автоматическому исправлению прямо через Битрикс.

CP-1251 сейчас основная кодировка в 1С-Битрикс на данный момент, и это доставляет много неудобств.
Например, bitbucket.org не умеет работать с этой кодировкой, и все lang-файлы моих модулей превращаются в кракозябры.

...

Мне всегда не удобно делать проекты, где будет использоваться CSV импорт в инфоблоки. Сайты все давно в UTF, а файлы CSV , в большинстве случаев - в cp1251.

Предлагаю реализовать либо автоматическое перекодирование либо дать возможность в ручную указать кодировку файла. На основании этих данных  автоматом его конвертировать в кодировку сайта.

Для UTF-версии БУС.Самая популярная программа для работы с CSV-файлами Microsoft Excel, которая работает в кодировке Windows. При открытии файлов экспортированных из БУС в Excel кодировка слетает.
И при импорте в БУС CSV-файлов отредактированных в Excel тоже возникает проблема с кодировкой. Предлагаю реализовать конвертацию кодировки файлов при импорте или экспорте файлов.  

Сделать установку БУС в UTF-8 по умолчанию, а Windows-1251 можно поставить установив галочку "Установить в  Windows-1251" ( как сейчас сделано для UTF-8 ).