Одним из требований для работы сайта в кодировке UTF-8 является директива mbstring.func_overload.
До php 5.3 значением директивы можно было управлять через .htaccess и проблем не возникало. Теперь значение этой переменной должно находиться в php.ini или где-нибудь в директивах apache.

Основаная проблема в том, что есть такая популярная библиотека PHPExcel которая просит данную директиву отключить. Есть разные методы эту ситуацию обойти, на выделенном хостинге никаких проблем, можно самому переопределить значение переменной для определенной папки.

Но достаточно много пользователей используют шэред хостинги и у них могут и будут возникать трудности.

Само по себе использование данной переменной в качестве обязательного требования для UTF-8 мне кажется не верным изначально. С php 5.3 оно еще и создает трудности.

На мой взгляд требуется рефакторинг ядра. Много времени это не займет. А облегчит жизнь многим пользователям.

p.s. Это мое личное мнение, если согласны плюсуйте)

Для UTF-версии БУС.Самая популярная программа для работы с CSV-файлами Microsoft Excel, которая работает в кодировке Windows. При открытии файлов экспортированных из БУС в Excel кодировка слетает.
И при импорте в БУС CSV-файлов отредактированных в Excel тоже возникает проблема с кодировкой. Предлагаю реализовать конвертацию кодировки файлов при импорте или экспорте файлов.  

Сделать установку БУС в UTF-8 по умолчанию, а Windows-1251 можно поставить установив галочку "Установить в  Windows-1251" ( как сейчас сделано для UTF-8 ).