Например если доставка почтой наложенным платежём я должен иметь возможность отметить например в множественном селекте что "Наличные курьеру" покупателю не предлагать. Ещё примеры?

"Самовывоз со склада в Москве" - "наличные курьеру"
почтой (как угодно) - "наличные курьеру"
электронная доставка  - "наличные курьеру", "сбербанк итп"
"бесплатная доставка для предварительного тестирования (ну или как то так)"  - "оплата вебманями идр мгновенные методы".

Соответствующие компоненты (sale.order.full итп) будет несложно подогнать под данные настройки даже на уровне шаблонов.

Почему лучше сделать поле несовместимых сособов оплаты в службах доставки а не наоборот несовместимых способов доставки в платёжных системах - потому что способов доставки в зависимости от веса размера стоимости итп можно наплодить миллион и они постоянно тусуются, а способы оплаты более менее стабильны. Значит меньше телодвижений при добавлении очередного способа доставки.
А лучше если это поле будет правиться и  из карточки службы доставки и из карточки системы оплаты.

Почему лучше явным образом указывать НЕсовместимые способы оплаты, а не с совместимые - чисто для удобства и наглядности. имхо гораздо сильнее бросаются в глаза вещи несочетающиеся чем гармоничные (эффект красной тряпки). кроме того несовместимых  вариантов теоретически должно быть меньше.
Хотя с другой стороны если в компоненте прописать что надо использовать ТОЛЬКО совместимые то меньше вероятность что покупатель воспользуется некой новой платёжной системой для которой забыли прописать несовместимые способы доставки.

Зачем вообще вся эта хрень нужна - затем что если вы не  дадите юзеру при заказе воспользоваться каким нибудь способом оплаты юзер просто обломится и ничего страшного не случится, а вот если вы дадите юзеру воспользоваться несовместимым способом оплаты (особенно электронные платежи и особенно(!!!) кредитки) - то тогда больше обломитесь вы потому что рефунды штука неприятная обоим сторонам.