Сейчас установить настройку использовать или нет древовидный классификатор элементов по разделам можно лишь для типа инфоблока.

Это неудобно тем, что в одном типе могут содержаться инфоблоки, для которых необходимо выборочное использование или отсутствие древовидного классификатора. В таких случаях приходится создавать для каждого нового инфоблока отдельный тип и общая структура загромождается.
Предлагаю реализовать настройку возможности устанавливать использование древовидного классификатора не только для типа, но и для каждого инфоблока в отдельности. Например: