В корзину можно добавить товар, которого нету на складе (под заказ):
https://www.screencast.com/t/qBAlrhTzia5

но возможна ситуация, когда указанная цена для товаров, которых нету в наличии, может отличаться от действительной цены, то необходимо ограничить службы оплаты для данных товаров: например оплата наличными в офисе, или после выставления счета менеджером.

С текущими настройками служб оплаты товар можно оплатить в момент заказа любыми доступными способами, например:
яндекс.касса, счет на оплату и т.д.
Скриншот:
https://www.screencast.com/t/WqzZUHtt

При этом в списке ограничений в службах оплаты на заданные условия (чтобы можно было оплатить только товары в наличии) - отсутствуют.
Скриншот:
https://www.screencast.com/t/pMyEeu3NWYx

Для разработчиков -  можно создать свои пользовательские ограничения для платежных систем:
https://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=43&LESSON_ID=7352
Но в штатном функционале продукта таких возможностей нет.

Голосуем за добавление дополнительных требуемых ограничений в службы оплаты.

Владельцы магазинов боятся фразы "нет в наличии" или "товар отсутсвует". Предпочитают "под заказ", если по смыслу товар они не хранят, а привозят.

Надо продумать опции для настройки этих фраз.