Текущий стандартный обмен данными между 1С УТ и Битрикс таков, что при обмене изменениями каталога, те товары, чьи картинки не редактировались и те товары, у которых удалили все картинки, в выгрузке, приходящей из 1С, выглядят абсолютно одинаково.
Идея! В 1С фиксировать удаление картинок товара и передавать на сайт какой-то маркер их удаления.