Для управления SEO тегами в инфоблоке сделать дополнительную настройку "Использовать только для этого раздела" - если с элементами все нормально, то для разделов, иногда требуется поставить только для верхнего уровня значения, а если у текущего раздела подразделов больше 100, то переопределять для всех остальных подразделов значения не представляется возможным.