По заявлению ТП, текущие версии «1С-Битрикс: Веб-окружение» (например, как 4.3, так и 5.0 для Linux)  были сделаны для серверов 32х.  

Предлагаю внедрить в будущие версии  проверку битности системы и установку в зависимости от этого подходящей версии ПО.

Реальный пример. PHP, установленный в рамках текущего «Веб-окружения», не способен открывать файлы больше 2 Gb. Приходится дополнительно компилировать PHP с соответствующими настройками.