Плагин XMPP, идущий с Битрикс24 устарел, современные клиенты к нему не подключаются. Это неприемлемо.

XMPP - это удобно и стандартно, а клиенты есть буквально подо все платформы, и существует множество библиотек для разработки. Списывать данный протокол со счетов нельзя ни в коем случае. Ведь почту (тоже стандарт) никто не списывает со счетов, верно?

Возможно, для ускорения разработки и избежания изобретения велосипеда, имеет смысл в качестве XMPP-фронтенда использовать какое-нибудь из уже существующих XMPP-решений, вроде того же Prosody, который распространяется по MIT (может быть распространен вместе с вашим пакетом), и который поддерживает современные стандарты протокола.
Вы все6 равно запускаете xmpp-сервер отдельной командой, в чем проблема запустить не php, а другой бинарник?

Мы бы хотели использовать XMPP только для рабочей переписки. Сейчас используются учетки icq и qip, что не совсем корректно.

Хотели использовать QIP, но только для рабочей переписки.

Нужна опция, чтобы не приходили уведомления о задачах, т.к. сильно отвлекает. Когда нужно будет посмотреть уведомления о задачах, я посмотрю, а вот сообщения - вещь более приоритетная.