Есть товары которые находятся в пути (свойство да/нет). По ним не надо фильтровать (т.е. не выводить в умной фильтре параметры из этих товаров). Эти же товары не показывать в каталоге.
В данный момент в каталоге товары не показываются, а вот фильтр учитывает их при построение комбинаций свойств.
Решается только переделкой компонента умного фильтра, то есть добавлением нужных параметров фильтрации в $arElementFilter в компоненте. Нужно либо автоматом брать значения фильтра уже установленного для раздела, либо дать возможность в параметрах передавать массив с дополнительным фильтром.