На данный, момент настройки автоматизации позволяют настроить корректную смену статусов только для одного варианта предоплата ИЛИ постоплата.
Например, в настройках Автоматизации интернет магазина стоит настройка при получении полной оплаты переводить заказ в статус: Подтвержден, формируется к отправке.
Если покупатель предоплачивает заказа на сайте то всё окей, после оплаты этот статус корректен.
Если оплата поступает после отгрузки (когда, курьерская служба перечисляет ДС, в этот момент статус заказа "Передано в Курьерскую компанию"), при оплате документа оплаты на сайте статус заказа меняется "Подтвержден, формируется к отправке", что не корректно, т.к. заказ уже выполнен и по сути в этот момент правильно было бы сменить статус заказа на "Выполнен".

В случае если почта россии путает статусы в хронологическом порядке http://i.imgur.com/Iazui8p.png или быстро меняется, статус часто остаётся пропущенным, поскольку при запросе истории статусов битрикс получает только последний статус истории.

Предлагаю обрабатывать всю историю, после времени последнего обновления. Тогда будет таки шанс настроить смену статусов заказов по статусам почты..

...

Нет нормальной синхронизации статусов. Если заказ переходит в статус оплачен, он почему-то в CRM закрывается как выполненный, логика не ясна.

Предлагаю добавить в модуль обмена для 1С возможность установки состояния заказа (той, что включается настройкой "Менять статусы заказов по информации из 1С" в Интеграции) не только по статусам заказов (на согласовании/к выполнению/закрыт) в 1С, но и по состояниям (открыт/ожидает .../готов к .../закрыт/...).

То есть просто добавить эти состояния в качестве дополнительных опций в колонку Статус таблицы Настройка соответствий в Настройке обмена документами в модуле Обмена с сайтами в 1С.

Статусы заказа важны, поскольку к ним привязываются почтовые события. А отображаемое значение состояния заказа обычно полнее отражает собственно состояние заказа, чем его статус.

Речь, конечно, про УТ 11.

UPD: Дмитрий Минаев не поленился сделать скриншот упомянутой таблицы. Спасибо ему!

UPD#2: По опыту допиливания лучше даже не состояния использовать, а добавить в таблицу колонки Оплачен и Реализован (с выбором <не установлено>/Да/Нет), чтобы выгружать в БУС статусы с учетом полноты состояния в 1С.