Как оказалось, в классе Bitrix\Main\Config\Option вообще не используется ORM. И сущность для ORM нигде не объявлена.
Есть метод Bitrix\Main\Config\Option::getDefaults чтобы получить значения по умолчанию.
Есть метод Bitrix\Main\Config\Option::load но он приватный
-----
Получается, чтобы можно было выбрать значения опций надо писать свой класс для сущности \My\OptionTable, описывать поля колонок таблицы и выбирать опции. Или решать аналогично прямым запросом, как в Bitrix\Main\Config\Option::load
И не забудьте подключить файл defaul_option.php из папки модуля. Там тоже могут быть настройки, если их еще никто не записал.
Есть метод Bitrix\Main\Config\Option::getDefaults чтобы получить значения по умолчанию.
Есть метод Bitrix\Main\Config\Option::load но он приватный
-----
Получается, чтобы можно было выбрать значения опций надо писать свой класс для сущности \My\OptionTable, описывать поля колонок таблицы и выбирать опции. Или решать аналогично прямым запросом, как в Bitrix\Main\Config\Option::load
Неудобно!