Заметили особенность, что тяжелые модули, такие как eshop лежат в modules как есть с кучай файлов, почему бы не заархивировать его?! если есть необходимость в установке, разархивируется и ставится. А обновы по версии проверяются, т.е к архиву вести файл versions.
Тогда проблема с размером решится окончательно - можно для начало только для встроенных модулей Битрикс такое делать. Процесс по сути изменится несильно
1)скачать данные
2)установить/обновить
3)удалить лишние данные после установки/обновления
Схожую идею уже предлагал -