Сейчас в интеграции между покупками на маркете и битриксом не предусмотрена возможность указать для использования автоматизированные способы доставки - можно только настраиваемые использовать.
В связи с этим предложение - реализовать поддержку автоматизированных способов доставки в интеграции с покупками на маркете.