Свойства товаров в 1С имеют параметр "назначение", при указании которого это свойство применимо к товарам указанных разделов.
При импорте номенклатуры из 1С в XML описания товаров попадают только те свойства, которые этому товару соответствуют, и это правильное поведение.
Независимо от ограничения импортируемой номенклатуры и от проставленных "назначений" свойств, в инфоблок запишутся ВСЕ имеющиеся в 1C свойства.
То есть если решили создать два отдельных инфоблока на "мебель" и "компьютеры", расположенные в одной базе 1С, в ИБ "мебель" будут присутствовать свойства типа "Тактовая частота процессора", а в ИБ "Компьютеры" - "Материал столешницы"
Ситуация усугубляется, если в базе много разнородных товаров, и кол-во свойств велико (в моём случае >4000). В такой ситуации Битриксу становится очень тяжело работать с каталогом, да и менеджеру работать с товарами затруднительно. Кроме этого архитектура MySQL не позволяет хранить большое количество свойств в отдельной таблице, поскольку на свойство создаётся отдельный столбец (для UTF8 это 85 столбцов varchar(255) )
Ниже привожу фрагмент лога обмена, чтобы пояснить вышесказанное.
Проблема обнаружена при работе с модулем интеграции на стороне 1С: 4.0.5.1.
Считаю необходимым сделать ограничение на выгрузку только тех свойств, которые соответствуют выгружаемым товарам, а лучше, в дополнение к этому, позволить указывать в настройках обмена свойства, которые нужно выгружать.

Вы не рассматриваете еще один вариант. В 1С есть остаток 2, в магазине этот товар ушел в резерв как -2 и остаток 0. Получается мы не передав этот 0 можем сломать работу офлайн системы.
Закрываю идею, спасибо вам за нее.