Предлагаю перенести статические страницы и разделы в базу данных, и отказаться от физических php файлов в папках.
Удобство построения структуры сайта на php-файлах весьма сомнительные, единственное оправдание может быть в том, что такие файлы легко редактировать через любимый php редактор, но сейчас есть достаточно хорошие онлайн визуальные редакторы кода и это преимущество теряет свою актуальность.
Если же файлы у нас хранятся в базе, мы получаем выигрыш в скорости (не нужно читать файловую структуру в поисках файликов .menu_ext или включаемых областей для рзаделов), для редакторов упростится создание страниц и разделов, а так же добавление их в меню, и перенос разделов между папками. Сейчас без знания файловой структуры редактору лучше не лезть в модуль управления структурой, так как он может перенести раздел, но не перенести меню, а потом будет недоумевать куда все пропало.
Если файлы в базе, можно проще настраивать редиректы при перемещении страниц или при удалении страниц, проще делать мультиязычные переводы для статических страниц. Проще переносить сайт на другой хостинг, не нужно мучаться с настройкой прав доступа на файлы, проще настраивать права доступа на редактирование группами пользователей (если случайно удалить из папки файлик справами все перестанет работать).
Как-то все ненадежно и хлипко получается если структура на php-файлах, и сложно для понимания новичкам, клиенту сложно разобраться во всех понятиях "раздел", "страница", "привязать пункт меню к странице", "перенести раздел". Одно неверное движение - и все полетело, без знающего программиста уже не восстановить. Улучшения увроде "отменить последнее действие" не спасают, иногда действий 3-4 или больше, а откатиться назад без восстановления бекапа уже нельзя. Да и с историей записи, изменений страниц и разделов, тоже пожалуй, будет проще. Сейчас нельзя узнать кто создал эту страницу, кто и когда изменил. Вроде логирование добавили, но как с ним работать - можно ногу сломать пока разберешься.
Думаю что структура веб-сайта не на файлах, а на базе, намного технологичнее. Понимаю что нужно для этого переписать чуть ли не весь продукт, но он ведь написан на АПИ, и через систему обновлений все вполне должно нормально обновиться с сохранением совместимости и с возможностью выбирать режим работы (с файлами или с базой).