CMain::set_cookie/get_cookie удобен тем, что учитывает префикс из настроек главного модуля. А вот если мы ставим cookie из JS, то этот префикс плюсовать/отнимать надо самостоятельно.
Хотелось бы удобной обертки (да и в принципе удобной работы) для cookie, которая все это учитывает, наподобие плагина $.cookie.