С тех пор как появился D7 разработчики модулей вздохнули свободнее -- больше в include.php не нужно прописывать все классы модулей. Глядя на исходный код Вашей автозагрузки возник вопрос -- почему бы не разрешить автоматическое подключение модулей? До этого остался ровно 1 шаг -- если модуль не подключен, проверять его в папках bitrix/modules/ и local/modules/
А для модулей, чьи авторы все-таки хотят сохранить строгость в подключении, можно предусмотреть опцию -- можно или нет подключать модуль автоматически по мере надобности
И при этом против предложенного автоматизма. Лучше, чтобы разработчик решал какой модуль должен учитываться в автозагрузке (т.е. подключил модуль явно).
В папках /modules/ многое может валяться. Деинсталляция модуля автоматически убирает зависимости по событиям. И это хорошо. А если нет зависимостей, то и классы модуля искать не надо.