Было бы хорошо, чтобы была какая-то системная папка, например, /bitrix/php_interface/init/ и все файлы, которые лежают в этой папке - автоматически бы подключались, сразу после отработки основного init.php файла.
Например, в мастере бывает нужно добавить какой-то обработчик или функцию в init.php на уже существующий чужой рабочий сайт, но если данный файл уже существует - то переписать мы его не можем, а дописывать в конец - как-то неправильно, и лучше подключать данные файлы как доп. библиотеки.