При настройке обмена товарами и заказами между ИМ и 1С'кой часто сталкиваемся с проблемами. Решаем их всегда одинаково: при завершении импорта, пока в папке еще лежат XML, копируем их в upload/xml/текущая дата и время/
И тогда пусть 1С сделает хоть 100 выгрузок, у нас останутся на сервере для "расследования" все ее XML'ки
Очень хотелось бы, чтобы такой механизм копирования файлов обмена с 1С был встроен в продукт изначально.