Мне всегда не удобно делать проекты, где будет использоваться CSV импорт в инфоблоки. Сайты все давно в UTF, а файлы CSV , в большинстве случаев - в cp1251.
Предлагаю реализовать либо автоматическое перекодирование либо дать возможность в ручную указать кодировку файла. На основании этих данных автоматом его конвертировать в кодировку сайта.
По поводу сохранения в UTF8 - не видел, если просто для обычного пользователя - то упростит ситуацию.
Сайт может быть в UTF8, а внешней программе требоваться cp1251, например.