При удалении элемента, который принадлежит нескольким секциям, он сразу удаляется во всех секциях. Предлагаю - если находимся в админке в секции и удаляем такой элемент, он удаляется лишь из той категории где мы находимся. Если же мы точно не можем определить в какой секции находится юзер - при удалении выводить диалог подтверждения удаления элемента - (из каких секций его удалить или удалить везде).
Удаление часто происходит из списка.
Битриксу ОЧЕНЬ не хватает на странице со списком элементов колонки с разделами, в которых находится элемент. Пусть на странице со списком колонка включается по желанию. Колонка позволит не ошибаться при удалении в вашем случае и существенно упростит работу в раздельном режиме редактирования инфоблока.
А пока включите в настройках инфоблока опцию "Режим просмотра разделов и элементов" "Раздельный". Возможно, это убережет заказчика от ошибок при удалении. Ему придется очень много думать что где