Сейчас, если свойство отображается у всех разделов, то и в умном фильтре (если стоит галочка "Показать в умном фильтре") оно отображается во всех разделах.
Предлагаю в настройке раздела сделать галочку "Показать в умном фильтре" активной даже если свойство доступно во всех разделах (сейчас активные галочки только у свойств, которые вручную привязаны к разделу)