В случае если почта россии путает статусы в хронологическом порядке http://i.imgur.com/Iazui8p.png или быстро меняется, статус часто остаётся пропущенным, поскольку при запросе истории статусов битрикс получает только последний статус истории.
Предлагаю обрабатывать всю историю, после времени последнего обновления. Тогда будет таки шанс настроить смену статусов заказов по статусам почты..