Если пользоваться алиасами/синонимами для ящика (например: admin,dir,seo,1c) для обозначения "перетекающей" должности (админ может измениться, как 1С-ник, наверное )
То кнопка "ответить всем" отвечает и на сайт Алиаса...

Предлагаю: не учитывать подключенные домены в переписках (либо связывать алиас и реальную почту если api позволяет)

p.s. может я что-то не правильно понимаю в построении структуры компании (расскажите без минусования)