При отключенных куках у пользователя перестают работать сессии. Может быть есть смысл делать "пуленепробиваемые" сессии на основе механизмов, указанных в http://habrahabr.ru/post/104725/
Данная опция в контексте многосайтовости должна быть в настройках сайта, а не главного модуля. Также не плохо бы предусмотреть шаблоны данного сообщения для каждого сайта.