Каждый раз делая бекап сайта приходится упаковывать все файлы. В итоге получаются большое количество гигантских по размеру архивных файлов.
У архиватора tar, например, есть возможность делать инкрементальные бекапы. Т.е сначала делаем архив всего сайта, а затем при каждом последующем бекапе в архив попадают только измененные файлы.
Реализуйте такое же и в утилите резервного копирования. Многие владельцы сайтов скажут вам спасибо, так как сэкономят дисковое пространство и возможно деньги).
Во-вторых, тогда и восстанавливаться придется шагами.
В третьих, БД придется копировать каждый раз.
В общем, стоит ли усложнять? Для простого сайта копии много места не занимают, а для сложного администратор и так сам себе сделает такое резервное копирование, которое ему нужно.
Инкрементальные бекапы и для БД можно делать.
Не знаю как в вашей компании, а у нас есть небольшие клиенты у которых размеры сайта составляют десятки гигов.
Но речь не о тех кто умеет это делать, а о клиентах которые в большинстве своем этого делать не умеет и навряд ли захотят учиться это делать.