Например, справочник Модели [секция - Бренд, элемент - Модель] и каталог Товары [секция - Категория, элемент - Товар] связаны между собой свойством "Привязка к товарам". Мои модификации делают возможными следующий синтаксис:
//найти все мужские товары
$arFilter["PROPERTY_MODEL.PROPERTY_GENDER"] = $prop1;
//найти товары определенного бренда
$arFilter["PROPERTY_MODEL.IBLOCK_SECTION_ID"] = $sect1;
//посчитать количество кожаных товаров
$arGroupBy["PROPERTY_MODEL.PROPERTY_MATERIAL"] = $prop2;
//посчитать количество товаров бренда
$arGroupBy["PROPERTY_MODEL.IBLOCK_SECTION_ID"] = $sect2;
Все изменения касаются файла /bitrix/modules/iblock/classes/general/iblockelement.php. Версия модуля "Информационные блоки" - 11.0.2. Выложил только модифицированные функции (мои дополнения и модификации выделены цветом): http://pastehtml.com/view/bb8kug80v.rtxt