Довольно часто приходится менять кол-во столбцов в пагинации у компонетов news.list, catalog.section и пр., где используется компонет system.pagenavigation.
К сожалению сейчас, нет другого способа, кроме как кастомизировать компонент и вставлять строку: $rsElement->nPageWindow = $arParams['nPageWindow']; перед вызовом $rsElement->GetPageNavStringEx().
Например, для компонента news.list нужно сделать так, примерно на 366 строке:
Простите за спам, но однажды это помогло решить проблему.