Вот к примеру как на prom.ua https://yadi.sk/i/1yXZp8DT33CY5G если товары в корзине от разных компаний они группируются отдельно по каждой компании и соответственно своя кнопка купить, свой заказ и тд
В Битриксе появилась такая сущность как Компания  
Еще бы научились разбивать корзину на несколько заказов и соответственно оформлять по отдельности если отгрузку товаров в корзине будут осуществлять разные компании

Два сценария
1 фактически разные компании используют одну площадку для продажи разных категорий товаров
2 несколько компаний используют одну площадку для продажи товаров