Как оказалось, если 2 выгрузки из 1С пересекаются, то первая выгрузка не заканчивается нормально и портит каталог товаров (деактивирует все товары, загружает их без картинок, цен или остатков и т.п.).
И все это из-за того, что все выгрузки копируют файлы в /upload/1c_catalog/ и при пересечении вторая выгрузка удаляет файлы import, offers.xml из этой папки.
Для маленьких проектов с 1й выгрузкой это менее актуально. А вот когда хотя бы 5 различных выгрузок в разные инфоблоки, приходится бороться с этой проблемой.
Получается бага в работе продукта, несерьезно.
Можно просто внести в настройки компонента импорта опцию "В какую папку выгружать файлы".
1. Для каждого узла обмена будет свой каталог, в котором будут только свои данные.
2. Данные будут выгружаться полноценно пошагово. Т.е. не как сейчас - сформировали все файлики, а потом по одному отправляем, а будет - сформировали один файлик - отправили, сформировали второй- отправили второй. Причем, при желании, будет возможность запилить в обмен многопоточность выгрузки данных - выгрузка разных пакетов по разным потокам(сеансам 1С).