Синхронизация файлов с несколькими порталами

Иногда приходится работать с несколькими порталами (особенно, если их внедряешь). Десктопное приложение при коннекте к новому порталу синхронизирует все папки и файлы, уже имеющиеся на диске, и пополняет их теми, что есть на новом  портале. В итоге образуется каша.
Необходимо разделять на диске папки разных порталов, например, создавая папки с именем портала (либо разрешить пользовательскую настройку имени папки для конкретного подключения)