При использовании панелей управления хостингом, например, ISPManager возникают проблемы с папкой /webstat/. Она создается и наполняется под пользователем root автоматически.
Предлагаю пропускать эту папку при тестировании доступа, либо сделать настраиваемым список исключений так, как это сделано в настройках резервного копирования.
Конечно, обойти эту проблемы можно. Для этого нужно зайти по ssh под root (либо с правами на sudo) и перед тестирование изменить владельца этой папки и всех файлов в ней.
Если так не сделать, проверка доступа бесполезна, т.к. останавливается на первых десятки ошибках.
Но ведь до Битрикса и не доходит. Файлы отдает nGinx / Apache.
Доходит до смешного. ТП Битрикса указывает, что не работает потому что не проходит проверка доступа)). С другой стороны, если спотыкается на том, на чем не должно, то и до реальной проверки также не доходит.