Те например разработчик указывает строчку $APPLICATION->registerAdditionalScript('jquery', SITE_TEMPLATE_PATH . '/js/jquery')
это значит что в дальнейшем запись вида $APPLICATION->showAdditionalScript('jquery') подключит версию jquery разработчика.
Все это уже есть в вордпресс, при огромном количестве плагинов.
Битрикс ведь обновляет себя и потом что-то не работает, ломается. Чем ситуация с jQuery отличается?
Кстати на форуме дали ответ, что возможность зарегистрировать скрипт есть
Надо тестировать.
CJSCore::Init(Array("jquery2"));
На счет jquery то лучше уже использовать 3-ю версию тем более jQuery Compat 3.0 поддерживается IE8